影响微波杀菌效果的因素主要有两个方面：

（1）食品的介电性质对杀菌效果的影响。

介电性质对微波杀菌效果及其设备的设计有着极为重要的影响，食品的介电性质与食品各组成成分的状态及相互作用有关，其中最为重要的是食品中的水分含量和状态。水分子是极性分子，水分含量越大，食品的介电损耗因子越大，吸收微波越强，杀菌能力就越好。此外，物料的密度也会影响介质的损失值。

（2）主要是微波的功率、处理时间和温度。

微波杀菌根据食品介质的性质来确定杀菌所需要的时间、温度、功率等工艺参数。

但是在这些因素还是有很多地方没有研究到很深入透彻。